En matière de médecine il est reconnu comme un précurseur pour son époque. Il était avant tout spiritualiste, établissant une distinction entre la partie physique mortelle et la partie animique immortelle de l'homme. Pour lui l'âme est liée à Dieu tandis que le corps physique est une partie de la nature. L'esprit de la vie, la force essentielle de la vie, ou force vitale, éthérée et reliée à l'âme forme à la fois la conscience et l'esprit animal en nous. C'est cette force vitale qui est la cause de toutes les fonctions vitales.

Il pratiquait la guérison à distance avec l'aide d'un système décrit auparavant par Paracelse et que Fludd nomme dans ses traités "l'onguent de sympathie". Cette méthode était utilisée par divers médecins rosicruciens de cette époque notamment Van Helmont et digby. Il fût alors attaqué par divers prélats catholiques notamment le père Mersenne qui essaya de convaincre le roi Jacques 1er pour qu'il chassât Fludd d'Angleterre en l'accusant de magie et de sorcellerie. Ce fanatique religieux n'obtint pas satisfaction mais Fludd dut s'expliquer et écrire plusieurs ouvrages pour se défendre d'hérésie. Mersenne obtint alors du philosophe Gassendie une critique des travaux de Fludd; mais là également ce dernier resta très courtois et alla même jusqu'à reconnaître les mérites de Fludd et la polémique n'alla pas plus loin.

Pour lui l'être humain est constitué d'une âme, d'un esprit vital et d'un corps.

Cette triple nature de l'être correspond à ce que les Rose Croix nomment aussi corps physique, corps psychique et Ame et que Paracelse et les anciens Rose Croix nommaient aussi symboliquement par les terme respectifs de Sel - mercure et soufre .

Toujours selon Fludd, le corps est composé de Terre, d'eau et de feu . Quand à l'âme elle apporte la Vie et se scinde en trois qualités: à la tête correspond l'âme intellectuelle , à la poitrine et au cœur l'âme vitale et à l'abdomen l'âme sensitive.

L'âme vitale est constituée de l'éther le plus pur. Elle se concentre principalement dans le cœur et de là la Vie est insufflée dans tout le corps grâce au sang qui porte l'air dans tout le corps. Cette âme vitale est la source de la Vie morale car elle choisit entre l'âme sensitive et l'âme intellectuelle qui lui sont subordonnées. Il considérait par là que la Force Vitale émanée de l'âme peut être concentrée dans le cœur et fournir d'énergie à la Vie et aux vertus de l'âme tout en servant d'intermédiaire entre intellect et passions;

Il divise aussi l'âme intellectuelle en trois fonctions :

ratio : qui lui sert à se contempler elle même ou à prendre conscience du monde extérieur

mens : qui est la substance de la conscience de l'âme elle même

intellectus : qui est l'aspiration de l'âme à s'élever vers la région supérieure d'où l'âme est descendue.

Cette âme intellectuelle crée ainsi : 3 mondes

Mundus sensibilis : celui de nos 5 sens

Mundus imaginabilis : celui du mental

Mundus intellectualis : la perception du divin

IL établit aussi un rapport de divine proportion entre la nature de l'être, les planètes et les éléments. Il définit cela comme une harmonie de l'univers et de l'être :

Voici comment il évoque la difficulté de l'élévation spirituelle de l'âme

L'âme qui anime le corps cherche à s'élever sans cesse vers les régions supérieures de l'air comme le fait la flamme. C'est là son instinct et son bonheur. Or, comment se fait-il que nous éprouvions une si grande fatigue lorsque nous gravissons une montagne ? ne suivons-nous pas la route qui plaît à l'âme ? C'est que le corps physique, dont l'essence est de tendre , tout à l'inverse de l'âme, vers le centre de la terre, l'emporte largement par sa masse, sur l'étincelle de l'âme qui nous anime. Il faut que l'âme réunisse toutes ses forces pour élever avec elle et faire obéir à son impulsion, la lourde masse du corps qui l'enchaîne.